全身性細菌感染，特別是腹腔內感染時，細菌侵入肝臟，如果病人抵抗力弱，可發生肝膿腫。細菌可以下列途徑進入肝臟：

①膽道：膽道蛔蟲癥，膽管結石等并發化膿性膽管炎時，細菌沿著膽管上行，是引起細菌性肝膿腫的主要原因；

②肝動脈：體內任何部位的化膿性病變，如骨髓炎，中耳炎、癰等，特別在發生膿毒血癥時，細菌可經肝動脈進入肝臟；

③門靜脈：已較少見，如痔核感染、壞疽性闌尾炎、菌痢等，引起門靜脈屬支的血栓性靜脈炎：膿毒栓子脫落進入肝內，即可引起膿腫。

④肝外傷：特別是肝的貫通傷或閉合傷后肝內血腫的感染而形成膿腫。

細菌性肝膿腫的致病菌多為大腸桿菌，金黃色葡萄球菌等，單發性肝膿腫膿腔有時可以很大，多發性肝膿腫的直徑則可在數毫米至數厘米之間，數個膿腫也可融合成一個大膿腫。