微生物的分類是我們學習微生物學的入門必讀，也是第一個難點，總體來說我們可以將其歸為三型八大類，特總結如下，供大家學習。
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三型 |
八大類 |
特點 |
| 非細胞型微生物 | 病毒（亞病毒和朊粒） | 無細胞結構，結構最簡單，體積最微小，能通過細菌濾器； 由單一核酸（DNA或RNA）和蛋白質外殼組成； 必須寄生在活的易感細胞內生長繁殖。 |
| 原核細胞型微生物 | 細菌、放線菌、螺旋體、支原體、衣原體、立克次體 | 僅有原始核，無核膜、無核仁，染色體僅為單個裸露DNA分子； 缺乏完整的細胞器。 |
| 真核細胞型微生物 | 真菌 | 細胞核分化程度較高，有典型的核結構（有核膜、核仁、多個染色體，由DNA和組蛋白組成）； 通過有絲分裂進行繁殖； 胞漿內有多種完整的細胞器。 |
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